Skerjafjarðarsvæðið er undirstaða afar fjölbreytts fuglalífs allan ársins hring og er svæðið mikilvægur viðkomustaður farfugla og fargesta sem hér hafa viðdvöl á leið sinni til og frá norðlægum varpslóðum. Fjörur og leirur svæðisins eru lífríkar, þar eru miklar þangfjörur og grunnsævi er með auðugu botndýralífi. Skerjafjarðarsvæðið í heild sinni hefur alþjóðlegt verndargildi vegna fuglategunda, svo sem rauðbrystings og margæsar og einnig er svæðið mikilvægt vegna marhálms, en plantan hefur takmarkaða útbreiðslu hér á landi og er ein aðalfæðutegund margæsar. Fræðslugildi svæðisins er hátt með tilliti til lífríkis og aðgengi að svæðinu er gott, en strandlengjan er vinsæl til útivistar og fjörðurinn til skemmtisiglinga.
Friðlýsing
Skerjafjörður innan bæjarmarka Kópavogs og Garðarbæjar og var friðlýst sem búsvæði árið 2012 og 2009. Markmiðið með friðlýsingu Skerjafjarðar er að vernda lífríki við ströndina, í fjöru og á grunnsævi, einkum og sér í lagi með tilliti til fugla. Jafnframt er það markmið að vernda útivistar- og fræðslugildi svæðisins sem felst í líffræðilegri fjölbreytni og samrýmist verndun búsvæða fugla.